首先，企业到银行申请开通海关税费电子支付业务，并进行银行账号备案申请；
企业登陆中国电子口岸，选择开展税费电子支付业务的直属关区，并签署电子口岸、支付平台和企业三方协议；
电子口岸签署协议后，将企业签署的电子协议发送到支付平台；
支付平台签署协议后，将开通回执发送给电子口岸；
电子口岸将企业选择开展税费电子支付业务直属关区的备案关区开通申请发送到海关H2000系统；
直属海关关税部门在H2000系统进行企业电子支付备案，H2000系统将备案申请回执发送到电子口岸；
电子口岸将企业备案关区开通信息发送到支付平台；
企业登陆支付平台进行银行账号添加；
支付平台将企业账号添加信息发送给银行；
银行激活企业账号。
3．企业电子支付海关税款流程
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海关H2000系统审结完报关单后，将电子税单信息发送到电子口岸；
电子口岸将电子税单信息发送到支付平台；
企业登陆支付平台查询税单，并确认支付；
支付平台将企业的预扣指令发送到银行；
银行预扣成功后，将预扣成功信息发送到支付平台，通过电子口岸发送到海关H2000系统；
企业到现场海关办理交单接单通关手续，海关打印税单，并将税单第一联交予企业；
海关H2000系统在打印税单时，发送税款的实扣通知通过电子口岸给支付平台，支付平台转发到银行；
银行实扣税款后，发送实扣成功回执到支付平台，通过电子口岸发送到海关H2000系统，H2000根据银行实扣成功回执核注税单；
次日，现场海关将正本税单的第2-5联交予银行；
银行核单入库。
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