公司迟到扣钱，用人单位规章制度有规定的合法。用人单位不得克扣劳动者工资，但有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；代扣代缴的个人所得税；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；其他。
【本文关联的相关法律依据】
《工资支付暂行规定》第十五条
用人单位不得克扣劳动者工资。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：
（一）用人单位代扣代缴的个人所得税；
（二）用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；
（三）法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；
（四）法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。
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