法律分析：公司克扣员工工资的处理方式如下：
1、员工可以和用人单位协商，要求其足额支付工资；
2、或者请工会或者第三方共同与用人单位协商，协商不成的，则可以向国家劳动部门投诉，或者申请劳动仲裁。
员工申请劳动仲裁程序如下：
1、准备劳动仲裁材料，如申请书；劳动关系成立证明；拖欠工资证据等；
2、确定劳动仲裁机构后，向劳动仲裁机构提交材料，申请劳动仲裁；
3、劳动仲裁机构对申请材料进行审查，符合仲裁条件，受理案件，确定开庭的时间。
法律依据：《劳动保障监察条例》第二十六条
用人单位有下列行为之一的，由劳动保障行政部门分别责令限期支付劳动者的工资报酬、劳动者工资低于当地最低工资标准的差额或者解除劳动合同的经济补偿；
逾期不支付的，责令用人单位按照应付金额50%以上1倍以下的标准计算，向劳动者加付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬的；
（二）支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的；
（三）解除劳动合同未依法给予劳动者经济补偿的。
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