您好,欢迎来到爱够旅游网。
搜索
您的当前位置:首页实时荧光定量PCR检测大鼠VEGF mRNA方法的建立及初步应用

实时荧光定量PCR检测大鼠VEGF mRNA方法的建立及初步应用

来源:爱够旅游网
分子诊断与治疗杂志2010年3月第2卷第2期J Mol Diagn Ther,March 2010,Vo1.2 No.2 论实时荧光定量PCR检测大鼠VEGF mRNA方法的建 立及初步应用 李茜’韩曼丽 杨学文 高峰 詹臻 【摘要】 目的建立大鼠血管内皮生长因子(vascular endothelial growth factor,VEGF)实时荧光定 量PCR检测方法,对健康大鼠不同组织中VEGF mRNA水平进行检测分析。 方法跨内含子设计引物和 TaqMan探针,扩增片段TA克隆入pGEM—T载体,制成标准品,分析其特异性、灵敏性和重复性;提取健康大 鼠不同部位组织(肺、心、肝脏、肾脏、脑、胃、肠和颌下腺)总RNA,分析其VEGF mRNA表达水平。结果 测序及电泳条带证实PCR反应的特异性,批内CV为2.0%~6.7%,批间CV值为3.5%~10.6%,r>0.99;肺组织 中VEGFmRNA表达最高,与其他任意组相比差异均具有统计学意义(J凸<0.05),其它各组织间差异无统计 学意义。 结论 本研究成功建立了检测大鼠VEGF mRNA的实时荧光定量PCR方法,具有高灵敏、高特 异、高重复性的特点;健康大鼠不同部位组织中VEGF mRNA的表达水平分析为以后研究疾病大鼠模型表 达水平奠定了基础。 【关键词】 实时荧光定量PCR;血管内皮生长因子;大鼠 Real—time qualitative PCR assay and application for VEGF mRNA in rat LI Qian ,HAN Manli ,YANG Xuewen。 ,,GAO Feng ,ZHAN Zhen’ (1.Nanjing University of Traditional Chinese Medicine,Jiangsu,Nanjing 210046,China;2.Nanjing Municipal Hospital of Traditional Chinese Medicine,Jiangsu,Nanjing 210001,China;3.Jiangsu Province Hospital of Traditional Chinese Medicine,Jiangsu,Nanjing 210029,China) 【ABSTRACT】 Objective To develop a real—time lfuorescence quantitative PCR method fur analyzing the levels Of VEGF mRNA from various organs of health aduit rats. Methods A pair of primers and TaqMan probe which spanned two exons were designed for the gene.The PCR product was cloned to plasmid pGEM—T by TA ligetion to get the standard template.Then,evaluation of performance of the PCR which consisted of speciifciyt,sensitiviyt and repeatabiliyt were established.Total RNAs from normal various tissues(1ung,heart, liver,kidney,brain,stomach,intestine and submaxillary gland)of 1 0 rats were extracted to be quantiifed ufr the levels ofVEGF gene.Results DNA sequencing and agarose gel analysis ofPCR products confirmed the high speciifcity of the method.CV within group was 2.0%~6.7%and between groups was 3.5%~10.6%.The correlation coefifcient(r)was more than 0.99.VEGF mRNA level in lung was the highest(P<0.o5).while diferences between other tissues were not significant. Conclusion The real—time quantitative PCR for detecting VEGF gene was established successfully with the character of high speciifciyt,sensitiviyt and repeatability.The method and the analysis of levels of VEGF gene from various organs of health adult rats laid a good foundation fur studying in depth levels ofVEGF gene ofunhealthy rats. 【KEY WORDS】Real—time quantitative PCR;Vascular endothelial growth factor;Rat 作者单位:1.南京中医药大学,江苏,南京210046 2.南京市中医院检验科,江苏,南京210001 3.江苏省中医院检验科,江苏,南京210029 。通讯作者:杨学文,E-mail:yangxw1968@yahoo.com.cn;詹臻.E—mad:zhanzhan5607@sina.com 著 ・116・ 分子诊断与治疗杂志2010年3月第2卷第2期J Mol Diagn Ther,March2010,Vo1.2 No.2 VEGF是其中功能最强大的促血管生成因子…。本 文采用Taqman技术建立一种检测大鼠组织中VEGF mRNA表达情况的实时定量PCR方法,现报告如下。 1材料与方法 逆转录试剂、DNA marker购自大连TaKaRa公司,Taq DNA聚合酶购自Promega公司。引物、探针委托由 Invitrogen公司合成。扩增仪为美国ABI 7500,高速 冷冻离心机为德国Eppendorf Centrifuge 5417R,紫外 可见分光光度计为Eppendorf BioPhotometer。 1.3 PCR引物、探针的设计 1.1实验动物 健康清洁级成年SD大鼠,雌雄各5只,由江苏省 中医院动物中心提供(动物许可证号:SC×K(苏) 2002.0123) 根据GenBank提供Rat VEGF mRNA序列 (AY702972),采用Primer Express 2.0软件进行引物 和探针设计,经Blast验证;GAPDH参照文献 合成。 1.2主要试剂和仪器 探针5’端标记FAM荧光报告基团,3’端标记TAMRA Trizol购自Invitrogen公司,反转录酶M.MLV等 荧光淬灭基团。序列如表1。 表1目的基因和内参基因的引物、探针序列 Table 1 Purpose gene and genes restricted reference materials primer and probe sequence 1.4标准品的构建 补足25 gL;反应条件为94。C预变性2 min,94 oC PCR产物纯化后与pGEM.T载体连接,构建重组 15 S、64。C 35 S扩增40个循环,72。C 5 min,64 oC 35 S 质粒,测序,序列比对正确后提取质粒,纯化并定量, 读取荧光。GAPDH的扩增参见文献报道。 稀释为6.6x10 、6.6x10 、6.6x10 、6.6x】0 copies/pL四 1_7方法学评价 个梯度作为标准品。 1_7.1特异性:标本进行PCR检测,每次均设阴性和 1.5标本制备 内参对照,扩增产物经电泳和测序鉴定。 取大鼠的肺、心、肝脏、肾脏、脑、胃、肠和颌下腺八 1.7.2线形范围:将质粒按10倍浓度梯度(6.6×10 、 种不同部位组织约50~100mg氮中充分研碎后加入 6.6X10 、6.6×10 、6.6×10 、6.6×10 、6.6X10 、6.6×10’、 1 mL Trizol,经氯仿萃取、异丙醇沉淀、乙醇洗涤后加入 6 6x10。copies/gL)稀释,每个浓度作为模板进行PCR 30 DEPC水溶解RNA,紫外分光光度计检测RNA的 检测,分析扩增曲线得到相关曲线。根据r>O.99的原 纯度和浓度。根据公式[总RNA( ̄tg/mL)=OD ×稀释 则分析线形范围。 倍数x40 ̄tedmL]计算RNA的浓度,取总RNA2 gg进行 1_7.3重复性:批内重复性是一次实验取6.6×10’、 逆转录。采用二步法:①模板总RNA 2 gg,50 pmol/ ̄tL 6.6×10 、6.6x10 三个梯度重复检测l0次,计算CV值; Oligo(dT)18 1 ,补DEPC水至12 ;70。C 5 min,冰 批问重复性是连续十次对6.6×1O 、6.6×105 6.6x10 三 上急冷5 min。②5×RT buffer 4 ,10 mmol/L dNTP 个梯度样本进行检测,计算CV值。 1 gL,400U/gLRnase inhibitor200U,200 U/ULM-MLV 1.8结果处理及统计学分析 酶200 U,补DEPC水至20 uL;42。C 60 min,85。C VEGF mRNA拷贝数除以相应的GAPDH拷贝 5 min。eDNA置一20 DC保存备用。 数,得到VEGF mRNA相对表达量。在不同大鼠相同 1.6 PCR反应体系及条件 部位组织中表达水平用 表示,以均数最小的组别 VEGF扩增的反应体系为10xPCR Buffer 2.5 gL, 作为1标准化处理,得出其他组别的相对比值,用 10 mM dNTP O.5 L,25 mM MgC12 1.5 L,10 mM SPSS13.0软件对数据进行统计学处理,单样本均数比 Prime各0.25 gL,10 mM Probe 0.25 gL,50xROxdye l1 较用f检验,多组间均数比较用方差分析,两两比较用 0.5 pL,TaqDNA聚合酶1.25 U,eDNA 2 gL,去离子水 SNK分析,以P<0.05为差异有统计学意义。 分子诊断与治疗杂志2010年3月第2卷第2期J Mol Diagn Ther,March 2010,Vo1.2 No.2 ・ll7・ 2结果 2.1 RNA纯度、完整性和浓度 提取总RNA OD 们 。均在1.8-2.0之间,电泳显示 清晰的28S和18S条带,且28S的量约为18S的两倍 (见图1)。 图1 RNA电泳图 Figure 1 RNA electrophoresis 2.2 PCR反应特异性 将实时荧光定量PCR的扩增产物取5 uL经 15 g/L琼脂糖凝胶电泳,结果显示VEGF、扩增产物片 段为110 bp,片段分子量大小与理论预期值完全一致 (见图2)。VEGF产物经TA克隆后测序(见图3),测 序结果与原始序列吻合。 100 bp 250 bp 500 bp 750 bp 1000 bp 图2 VEGF PCR电泳图 Figure 2 VEGF PCR product electrophoresis 图3 VEGF测序图 Figure 3 VEGF sequencing result 2.3 VEGF检测线形范围 当模板浓度在6.6×10 至6.6×10 之间,线形范围 相关系数z=0.998(见图4),扩增曲线斜率为.3.27。而 当模板浓度低至6.6 copies/ ̄tL时,PCR检测结果不稳 定,因此确定该方法检测下限为6.6 ̄10 copies/gL。  -● - 1。 ‘ , l  l l图4 VEGF不同浓度梯度反应相关曲线 Figure 4 VEGF log・linear relationship 2.4 PCR反应重复性 根据拷贝数求得批内差异的变异系数(cv)分别 为2.0%、4.9%、6.7%。扩增曲线见图5。批间变异系 数(cV)分别为3.5%、7-2%、10.6%。 图5 VEGF批内重复性检测扩增曲线 Figure 5 VEGF inter-assay reproducibility amplication curve 2.5大鼠不同组织VEGF mRNA表达水平 各组内差异经f检验无统计学意义(P>0.05)。组 间差异具有统计学意义,F--56.156,P<0.01。两两比 较VEGF mRNA在肺脏组织中表达最高,与其他任意 组相比差异均具有统计学意义(P<0.05);在其他任两 组中表达差异均无统计学意义( 0.05)。在不同部 位组织中的表达水平依次为肺、心、脑、肝脏、肾脏、颌 下腺、胃和肠(见表2、图6)。 3讨论 以往对基因表达的研究常采用分子杂交和常规 RT-PCR等半定量的方法,其定量的准确性不足,变异 也比较大,进而对研究结论的可靠性有一定的影响。 近年来随着PCR技术的发展,实时荧光定量PCR技 术广泛用于基因的定量分析,其定量分析的准确度和 灵敏度均远高于以前的方法。本研究建立的检测大 鼠组织中VEGF mRNA的实时荧光定量PCR方法国 ・1l8- 分子诊断与治疗杂志2010年3月第2卷第2期J Mol Diagn Ther,March2010,Vo1.2 No.2 表2各大鼠组织中VEGF mRNA相对表达量及相对标准化 Table 2 The data showing level VEGFmRNA relative quantiifcation and relative standardization in defferent organs 持都起着关键作用。另外,在心脏、大脑、肝脏、肾脏 中表达低于肺脏,与文献中 l于艮道VEGF在成人肾脏、 肺脏、大脑内有较高和敏感的转录有差异,尚待进一 伽 伽 ¨ ∞ 们 ∞ 步证实。对健康大鼠不同部位组织VEGF表达分析, M.§vEGF耀对袭选苎Ioa 与其他组比较,P<0.05 叠 鞠 肝赣下艨糖 肾 胃 心 分组 图6 VEGF mRNA在大鼠不同组织中的相对表达量 Figure 6 VEGF mRNA relative quantification in diferent organs 内尚未见报道。 实验数据的准确才能保证研究结论的可靠。反 应条件、扩增仪孔间差异、加样误差等均影响PCR定 量结果的准确性,为此,我们在实验中采取了以下几 个措施:①优化实验条件 ,特别是Mg 的浓度;②在 PCR反应体系中加人了参比荧光RO ̄dye II,我们的 预试验也表明,如不加ROxdye lI,其结果的变异达 20%一50%(数据未显示);③引入内参基因,以避免不 同组织标本总RNA不一致而影响各组织间目的基因 VEGF mRNA的比较;④用测得的mRNA绝对量而不 是用以往文献[4,51采用Ct值计算,使评价标准更为精 确。实验数据表明,通过采取以上措施,本文所建立 的检测VEGF mRNA的实时荧光定量PCR方法充分 保证了目的基因和内参扩增效率的一致,得到更为真 实的统计学数据和实验结论。 本文对健康大鼠不同部位组织(肺、心、肝脏、。肾 脏、脑、胃、肠和颌下腺)VEGF的表达量进行了检测分 析,实验结果表明VEGF在成年SD大鼠肺脏组织中 表达水平最高,提示该器官的血液灌注比较丰富,对 氧气浓度感受较敏感。Voelkel NF等 认为人体肺组 织中富含VEGF蛋白,由许多不同肺细胞产生并对其 产生应答,VEGF在肺脏的发育和成年肺脏功能的维 国内外尚未见报道。 许多病理过程都依赖于血管生成,特别是恶性肿瘤 和慢性炎症性疾病,有关VEGF与这些相关疾病的研究 有大量报道。但目前其具体作用机制尚需进一步阐释, 以其为靶t 的治疗方案还待进一步研究,在走向临床实 验之前大量动物实验是必需的。我们成功建立了检测 大鼠组织中VEGF mRNA表达的Rea1.time荧光定量PCR 方法,敏感性高,特异性强,定量范围宽,重复性和稳定 性好。可有助于更好的理解与VEGF相关的血管生成, 帮助有关VEGF的进一步研究,也为以后研究在疾病大 鼠模型中表达水平奠定了基础。 参考文献 [1】Peter C,Rakesh K Jain.Angiogenesis in cnacer and otherdiseases[J].Nature,2000,9(14):407—408. [2】Takashi M,Subrina J,Sohel Z,et a1.Effects of dual endothelin receptor antagonist on antiapoptotic marker Bcl-2 expression in streptozotocin—induced diabetic rats[J]. Exp Biol Med,2006,231:1034-1039. 【3]Cobb B D,Clarkson J M.A simple procedure for optimizing the polymerase chain reaction(PCR)using modiifed Taguchi methods[J].NucleicAcids Res,1994,22:3801-3805. [4]李晓丽,邹雄,杨晓静,等.聚合酶链反应方法检测外周血 淋巴细HLA—A mRNA方法学的建立及在肾移植中的初步 应用【J].中华检验医学杂志,2006,29(12):1074-1078. [5】Sven Tillmann T,Krisztina P,et a1.Speciifc reverse transcription—PCR quantification of vascular endothelial growth factor(VEGF)splice variants by lightcycler technology[J].Clinical Chemistry,2001,47(4):654-660. [6]Voelkel N Vandivier R w Tuder R M,et a1.Vascular endothelial growth factor in the ltmg[J].Am J Physiol Lung Cell Mol Physiol,2006,290(2):209-221。 【7】陈晓红.胎儿各器官和组织中VEGF转录丰度的研究【J】. 现代预防医学,2006,33(2):200.201. 作者简介 李茜,南京中医药大学2007级硕士研究生;杨学文,主任 技师,南京中医药大学2007级博士研究生,硕导;詹臻,女,教 授,博导。 

因篇幅问题不能全部显示,请点此查看更多更全内容

Copyright © 2019- igbc.cn 版权所有 湘ICP备2023023988号-5

违法及侵权请联系:TEL:199 1889 7713 E-MAIL:2724546146@qq.com

本站由北京市万商天勤律师事务所王兴未律师提供法律服务