灰鼠全身背部自吻端到尾基，体侧和四肢外侧均为褐灰色，毛基灰黑，毛尖褐或灰色。腹部自下领后方到尾基，四肢侧均为白色。灰鼠尾的背面和腹面呈棕黑色，毛基灰色，毛尖褐黑色。
灰鼠个体毛色差异较大，为青灰色、灰色、褐灰色、深灰色和黑褐色等等。此外，毛色还受季节的影响，冬毛灰或灰褐色，夏毛黑或黑褐色。
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